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南沙发展跨境电商的优势：
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南沙新区地处珠江出海口，是大珠江三角洲地理几何中心，距香港、澳门分别仅38海里和41海里，是珠江流域通向海洋的重要通道，也是连接珠江口两岸城市群的枢纽节点和我国南方重要的对外开放门户。区域和交通优势有利于发展跨境电商业务。
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海关以创新模式加快通关效率，支持跨境电商发展，如：
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快速验放机制。将通关作业由串联变更为并联同步运作，在南沙港再造监管查验流程，创设“提前申报、随机布控、货到验放”模式，“进口货物船边分流，即卸即放”，“出口货物卡口分流，即放即装”，需要查验的货物优先实施快速机检，不需查验的货物即卸即放、直接通行。使海关查验作业时间由原来的平均2小时减少为不到10分钟，海关通关时效提高50%以上。码头作业效率也大幅提升，带动南沙港进出口箱量不断攀升，对推动广州国际航运中心建设，促进通关贸易便利化具有重大意义。
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国际转运自助通关新模式。通过海关管理系统与南沙新港码头作业数据实时交换，取消纸本申报和人工审核手续，国际转运货物可无纸化申报，通关数据自动转换、对碰，系统自动审核、放行、核销，实现24小时全天候自助通关，港口运作效率、自动化水平大幅提升。该政策再造国际转运监管流程，支持航运物流发展。该模式下，货物转驳时间由原来的1~2天缩短为3~5小时，卸船理货报告生成时间从原来的6小时左右大幅减少到5分钟左右，实现国际转运船对船作业，大大提高企业通关效率，降低物流成本。
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国际贸易便利化“智检口岸”。“智检口岸”分为对外的公共服务平台和对内的业务监管系统，运用“互联网+检验检疫”和线上线下组合监管的工作理念，达到信息共享、高效服务和科学监管的三位一体。企业可以在家里、办公室等只要有互联网的地方就可登陆这个平台实现申报、查询和备案。不需要下载任何客户端，24小时无纸化网上办公，真正实现“六零申报”。办结率由原来的平均2到3天缩短为16分钟，产品合格率大幅提升24个百分点，查验率降低了90%。商品风险低、企业信誉高的实施现场免查验，绝大数货柜可在1分钟内办结所有手续。提升南沙港的竞争力，吸引大批市场采购商家和国内知名电商平台落户南沙，直接推动了南沙港新开多条国际航线。
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政府采购形式支付查验服务费用。对查验没有问题的集装箱，免除企业吊装、移位、仓储等费用，此类费用由政府财政负担；对查验发现有问题的集装箱所涉及的相关费用仍然由企业承担。该创新政策为在南沙进出口的企业带来实实在在的红利，对推动广州国际航运中心建设，促进通关贸易便利化具有重大意义。
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除优化监管措施外，南沙自贸区还在以下方面采取支持措施促进跨境电商快速发展：
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完善检验检疫监管政策措施，对跨境电商进出口商品实施集中申报、查验和放行，对跨境电商经营主体及商品实施备案管理制度。
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明确规范进出口税收政策，按照有利于公平竞争、促进发展和加强进口税收管理的原则，制订跨境电子商务零售进口税收政策。
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完善电商支付结算管理，推进支付机构跨境外汇支付业务试点 。
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提供财政金融支持，对跨境电子商务企业走出去重点项目给予必要资金支持，为跨境电子商务提供适合的信用保险服务。七月份跨境人民币贷款在南沙自贸区正式落地，这也意味着为南山自贸区境内的跨境电商企业多提供了一个获得境外低成本资金的渠道。
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南沙自贸区跨境电商发展现状：
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备案情况：备案商品9680种。据南沙海关统计，截至7月12日，南沙已累计审核进仓清单的总价值超过3.95亿元。南沙海关较早开展跨境电商通关业务，通关手续完善、快捷，很多其他地区的跨境企业也通过南沙海关开展保税业务，如前海目前四家跨境电商体验店中，星辰电商和联银开心购大部分货物即为通过南沙进口的。
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知名企业：截止7月12日，已有190家电商企业在南沙口岸部门完成备案。包括：京东国际、天猫国际、1号店、聚美优品、苏宁云商、唯品会、当当网、天猫国际等。其中，聚美优品拟在在南沙开设第三个店，按跨境电商华南总部的定位开展相关工作，根据其业务量估计，每日的订单量将超过5万票。2014年，京东国际选择南沙作为其开展跨境电商的第一个区域，业务量已从开始测试的每天几百票，到京东全球购上线后每天几千票；5月中旬，京东华南区负责人前来南沙，规划促销活动，用半个月时间实现了10万票跨境电商业务。
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保税交易体验店：设在南沙滨海隽城商业广场的南沙风信子跨境商品直购体验中心自今年5月开业至今，平均每天到店消费人数约8000人。位于南沙奥园海景城的南沙保税商品展示交易中心招商工作已完成超过80%，装修工作即将完成，预计将在8月底开始对外营业
大型项目：一批大的电商交易展示项目相继落地启动，包括：南沙跨境商品展示交易中心、南沙跨境商品直购体验中心、跨境电商国际仓贸（南沙）保税中心、广东合捷华南电商示范园区、东涌冠胜体验中心项目等
